Desa Kuntum Mekar merupakan hasil dari penyatuan/penggabungan diantara Dusun Tawai dan Dusun Lainoma yang sebelumnya termasuk merupakan
wilayah Kecamatan Malifut. Kemudian dilaksanakannya pemekaran hingga menjadi
Kecamatan Kao Teluk. Pada tahun 2006 diselenggarakan pemelihan Kepala Desa
untuk pertama kalinya yang berlandaskan pada PP 42 Tahun 1999 dan terpilihlah
Bapak Dahlan Ahmad sebagai Kepala Desa pertama di Desa Kuntum Mekar.